За обављања послова Агенције за реституцију, у складу са законом, статутом и овим правилником, образују се следеће основне унутрашње јединице:
1. Кабинет директора
2. Централна јединица
3. Јединица за конфесионалну реституцију
4. Подручна јединица Београд
5. Подручна јединица Крагујевац
6. Подручна јединица Ниш
7. Подручна јединица Нови Сад
8. Јединица за враћање имовине жртава Холокауста.
Кабинет директора, Централна јединица, Подручна јединица Београд, Јединица за конфесионалну реституцију и Јединица за враћање имовине жртава Холокауста имају седиште у Београду.
Подручне јединице у Београду, Крагујевцу, Нишу и Новом Саду оснивају се за територију општина према прописима којима се уређује регионални развој.
У Кабинету директора Агенције као посебној унутрашњој јединици, обављају се послови координације рада директора Агенције, заменика директора, директора Јединице за конфесионалну реституцију, директора подручних јединица, обезбеђивања доступности јавности рада Агенције, као и послови протоколарне, организационе и административно-техничке природе од значаја за остваривање функције директора Агенције и заменика директора Агенције, ревизије успешности пословања, финансијске ревизије и ревизије усаглашености, идентификовања и процене ризичних области, спровођења ревизорске процедуре, укључивања идентификовања и дефинисања предмета ревизије, развијања критеријума, прегледа и анализе доказа, документовања процеса и процедура субјекта ревизије, израде годишњег плана ревизије, сачињавања периодичних и годишњих извештаја за реализоване послове у извештајном периоду, координирања са руководиоцима унутрашњих организационих јединица и екстерним ревизорима.
Кабинетом директора непосредно руководи директор Агенције за реституцију.
У Централној јединици обављају се послови од заједничког интереса за Агенцију, а који се односе на: усмеравање, организовање и обједињавање рада унутрашњих јединица; припрему програма/плана рада и извештаја о раду Агенције; израду општих и појединачних аката из надлежности Агенције која нису у делокругу осталих унутрашњих јединица; људске ресурсе; јавност рада; набавке и јавне набавке; старање о стредствима за рад; праћење рада, аналитичку обраду података и хармонизацију праксе у области враћања имовине и обештећења; израду аналитичких извештаја у вези са поднетим захтевима за враћање имовине и поступком враћања одузете имовине и обештећења; праћење спровођења аналитичких послова у Агенцији, израду извештаја, анализа и упоредних прегледа о траженој и враћеној имовини; вођење евиденција; израду и одржавање информационих система; курирску доставу; препис и фотокопирање документације; пријем, евидентирање, експедовање и архивирање документације; финансијско пословање; процену и обештећење; и друге сродне послове.
У Централној јединици образују се следеће унутрашње организационе јединице:
1. Сектор за координацију и надзор
2. Сектор за аналитику
3. Сектор за финансије
4. Сектор за опште и заједничке послове.
У Сектору за координацију и надзор обављају се послови усмеравања, организовања и обједињавања рада унутрашњих јединица; праћења остваривања резултата рада Подручних јединица; аналитичке обраде података и хармонизације праксе у области враћања имовине и обештећења; вођења квантитативних података и евиденција о враћеној имовини; припреме плана рада, израде извештаја, анализа и упоредних прегледа о траженој и враћеној имовини и другим аспектима рада; праћења ажурности и квалитета рада свих јединица Агенције које воде поступке и решавају предмете; послови везани за транспарентност података; послови обуке запослених и интерне ревизије рада и донетих одлука; успостављања и усклађивања јединствене праксе у поступању по захтевима за поступак враћања имовине и обештећење; остваривања сарадње из делокруга Сектора са државним органима, организацијама и институцијама; остваривања сарадње из делокруга Сектора са органима јединица локалних самоуправа; остваривања сарадње са надлежним органима и организацијама Европске Уније; сачињавања извештаја о изради и одржавању информационих система; и други сродни послови.
У Сектору за координацију и надзор образују се:
1. Служба за идентификацију имовине у којој се обављају послови: прикупљања катастарских и земљишнокњижних података у сарадњи са надлежним институцијама за поступке враћања имовине и идентификације обештећења, провере катастарских и земљишнокњижних података у поднетим захтевима и утврђивања истоветности имовине чије се враћање захтевом тражи са имовином на терену и у јавној евиденцији непокретности, решавање проблема идентификације земљишта које је након подржављења комасирано, решавање проблема идентификације имовине у подручјима у којима је у време одузимања важио само пописни катастар, сарађивања са судским вештацима и актуарима који врше идентификацију имовине, проверавања уредности поднетих предлога у погледу података о одузетој имовини и приложене документације о правима на њој, анализирања стања евиденција непокретности и права на њу у време одузимања и у време подношења предлога, предлагање закључака о допуни документације, координација рада Агенције са Републичким геодетским заводом и другим стручним службама у вези са прибављањем података о непокретности, координација са свим подручним јединицама и Jединицом за конфесионалну реституцију.
2. Одељење документације – Писарница уу коме се обављају се послови: курирске доставе, фотокопирања документације, пријема, евидентирања, експедовања, стављања у роковник и архивирања документације и други сродни послови, скенирања у јединствену писарничку базу свих докумената која се примају и експедују у предметима враћања одузете имовине и обештећења.
У Сектору за аналитику обављају се послови: израде аналитичких извештаја у вези са поднетим захтевима за враћање имовине и поступком враћања одузете имовине и обештећења, праћења спровођења аналитичких послова у Агенцији, израде извештаја, анализа и упоредних прегледа о траженој и враћеној имовини и другим аспектима рада.
У Сектору за финансије обављају се послови: финансијског планирања; финансијске оперативе, финансијског пословања, анализе финансијског стања, финансијског извештавања, рачуноводственог пословања и извештавања, контроле финансијског пословања, израде аката директора Агенције у вези са финансијским пословањем и други сродни послови.
У Сектору за опште и заједничке послове обављају се послови: организације седница управног одбора Агенције и израде одлука управног одбора Агенције, израде нацрта општих аката Агенције и нацрта уговора које закључује Агенција, израде аката директора Агенције у вези са правима и обавезама запослених, кадровске евиденције о запосленима, заштите права и извршавања обавеза запослених из области радних односа, набавке и јавне набавке, старања о стредствима за рад, информатичка и техничка подршка раду Агенције и други сродни послови.
У Јединици за конфесионалну реституцију обављају се послови који се односе на: спровођење поступка и одлучивање о захтевима за враћање имовине црквама и верским заједницама, прибављање доказа по службеној дужности у случају кад релевантне исправе постоје, али су подносиоцу захтева недоступне, пружање стручне помоћи црквама и верским заједницама и обвезницима враћања имовине, поступање у вези са покренутим управним спором и захтевом за преиспитивање судске одлуке као и други сродни послови из делокруга Јединице.
У Подручној јединици Београд, са седиштем у Београду, обављају се послови који се односе на: спровођење поступка и одлучивање о захтевима за враћање имовине и обештећење за подручје Јединице; пружање стручне помоћи подносиоцима захтева за реституцију и обвезницима враћања имовине; поступање у вези са изјављеном жалбом, поступање у вези са покренутим управним спором и захтевом за преиспитивање судске одлуке и друге сродне послове.
У Подручној јединици Крагујевац,, са седиштем у Крагујевцу, обављају се послови који се односе на: спровођење поступка и одлучивање о захтевима за враћање имовине и обештећење за подручје Јединице, пружање стручне помоћи подносиоцима захтева за реституцију и обвезницима враћања имовине, поступање у вези са изјављеном жалбом, поступање у вези са покренутим управним спором и захтевом за преиспитивање судске одлуке и друге сродне послове.
У Подручној јединици Ниш,, са седиштем у Нишу, обављају се послови који се односе на: спровођење поступка и одлучивање о захтевима за враћање имовине и обештећење за подручје Јединице, пружање стручне помоћи подносиоцима захтева за реституцију и обвезницима враћања имовине, поступање у вези са изјављеном жалбом, поступање у вези са покренутим управним спором и захтевом за преиспитивање судске одлуке и друге сродне послове.
У У Подручној јединици Нови Сад, , са седиштем у Новом Саду, обављају се послови који се односе на: спровођење поступка и одлучивање о захтевима за враћање имовине и обештећење за подручје Јединице, пружање стручне помоћи подносиоцима захтева за реституцију и обвезницима враћања имовине, поступање у вези са изјављеном жалбом, поступање у вези са покренутим управним спором и захтевом за преиспитивање судске одлуке и друге сродне послове.
У Јединици за враћање имовине жртава Холокауста обављају се послови који се односе на: спровођење поступка и одлучивање о захтевима за враћање имовине одузете припадницима јеврејске заједнице који немају законских наследника и враћање одузете имовине организацијама које су у време одузимања биле у функцији јеврејске заједнице, за имовину која је одузета на територији Републике Србије за време Холокауста, прибављање доказа по службеној дужности у случају кад релевантне исправе постоје, али су подносиоцу захтева недоступне, пружање стручне помоћи јеврејским општинама и обвезницима враћања имовине, поступање у вези са покренутим управним спором и захтевом за преиспитивање